于此同时，李明峰还保举了一系列的官员来充任新疆战后的官职。新疆是李明峰一刀一枪打下来的，现在也完全掌握在常胜军手中，朝廷无论是于公，还是于实际分析，都没有拒绝李明

毒死卡塔尔勒之后，阿古柏在新疆的维族人之中的形象立刻就改变了，这是阿古柏自己也没有料到的。本来同为穆斯林，新疆人都把阿古柏看成解放者，但是现在阿古柏将圣裔打跑一个，毒死一个，就让新疆人彻底的看清楚了他的侵略者本。

至于吐鲁番回王、哈密回王这些忠于朝廷的家族，虽然心有不甘，但是也不敢公然和李明峰对抗。而且李明峰也对伯锡尔表示过了，会尽量维护他的家族利益，这也让伯锡尔放心不少。

控制力度又减弱了，这个时候，逃浩罕的大和卓波罗尼都的孙张格尔再度返回喀什噶尔，在南疆兴兵造反。张格尔虽然只一人，但是他到喀什噶尔振臂一呼，南疆百万维族百姓都归附其旗下，这样一来，又让朝廷耗费了好几年的时间来征讨。这个事件被称为“张格尔之”。

以前新疆是军事制状态，没有设省，只设将军。为了能更加有力的控制住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改变新疆的制度，将新疆设省。李明峰提议取消伊犁将军，设新疆行省，以后新疆军民政务当由新疆巡抚来统领。

这样一来，朝廷就直接手了新疆的民务，这会导致当地回王的权势暴减。这改革，换在任何一个时候都会引起回王势力的力反弹，但是现在不同，这帮回王连小命都保不住了，哪里还有能力和李明峰对抗？

新疆建省，也是朝廷一直以来的追求，但是地方势力太，这个制度一直无法实行，李明峰既然主动要承担这个任务，朝廷一定会赞同的。剩下的就是的建省事务问题了，包括政治区划、治所安排，官吏置等等。

本来新疆的治所是在伊犁，但是伊犁现在于俄罗斯的控制之下，李明峰虽然不肯放弃伊犁，但是老李也不想通过武力来解决伊犁问题。现在看来，短期内伊犁还是难以收回的，所以新疆省的治所就要换一个地方了。于是老李就上奏，请求将新疆的治所从伊犁迁徙到迪化。

老李誓要让这个家族绝，砍断分裂主义的一面大旗。只要他们的神支一倒，分裂主义的猖獗势就会减弱，再加上其他手段，老李自信能够彻底斩断分裂主义的源。

所以在李明峰大军抵达喀什噶尔之后，阿古柏再度征兵都需要使用制手段了，可见其不得民心。

卡塔尔勒同样不甘心当傀儡，他趁着阿古柏到哈密去和李明峰战的时机兴兵讨逆。结果卡塔尔勒师未捷先死，没等战胜阿古柏就被阿古柏事先安的人手将其毒死。

李明峰虽然很难理解维吾尔人的心态，但是从这一系列历史事件分析，老李得一个结论，维族人对和卓家族很崇拜，崇拜到了疯狂的地步。为了防止在此发生叛，李明峰派了数十个探，携带重金，浩罕国内，去刺杀谋害大小和卓的后人。

阿古柏就是趁着护送布素鲁克的机会的新疆，由此可见白山派的和卓家族对新疆的影响力。

李明峰也不知，维族人是了什么，对这个家族这么忠心。此时距离张格尔之已经有四五十年的时间了，但是新疆大之后，占据了喀什噶尔的大军阀司迪尔在第一时间就派人到浩罕国，接回了张格尔的儿，大和卓的曾孙，布素鲁克来担任大汗。

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阿古柏毕竟是浩罕人，对和卓家族没有尊敬之情，所以他到新疆掌权之后，架空了布素鲁克，最终导致布素鲁克的反叛。阿古柏镇压了布素鲁克之后，将其赶回了浩罕，然后又扶持了他的堂兄，同样是大和卓波罗尼都的曾孙卡塔尔勒继任为大汗。